Segundo as Informações Paroquiais de Alhos Vedros de 1758, a Santa Casa da Misericórdia foi inicialmente instalada na Ermida da Nossa Senhora da Vitória, situada a norte da vila, junto ao Largo da Graça. A criação deste hospício, destinado a prover os pobres e os necessitados, parece ter sido em 1500, logo após a fundação de Misericórdia de Lisboa, em 1498, pela rainha D. Leonor.
Porém, o zelo e o espírito generoso de alguns benfeitores da época, foram dotando esta instituição de alguns rendimentos e obras pias, de acordo com as suas capacidades económicas e motivos político-religiosos. De forma que nos anos de 1590 a 1591 procedeu-se à construção da Santa Casa da Misericórdia, na Praça da Vila de Alhos Vedros.
Possuindo hospital para socorrer os pobres, passageiros e mendicantes, esta instituição subordinava-se a princípios de orientação geral, definidos pela rainha D. Leonor.
Pertencente ainda aos bens da Misericórdia, a igreja da Misericórdia foi o primeiro edifício a ser construído, em 1587.
A conjugação da corrente renascentista, ao nível do portal (executado em 1587 por ordem do provedor João Anriques Pimentel), com a nova corrente artística, o Maneirismo, sobretudo ao nível da planta, testemunha o pensamento e a necessidade às novas exigências, físicas e funcionais do espaço religioso. Cria-se, deste modo, uma nave única, um espaço público de vivência comunitária, onde as funções litúrgicas são profundamente marcadas pela pregação. Daí o púlpito estar situado, sensivelmente, a meio da nave, de forma que a voz do orador se possa ouvir na totalidade do espaço.
O plano desta Igreja constitui um claro exemplo do "estilo chão", uma arquitetura despojada de elementos decorativos, fria e funcional que marcou as construções religiosas entre o fim do séc. XVI e meados do séc. XVII. O interior é de uma só nave e teto de madeira de três planos.
Conforme a regra da arquitetura religiosa, está orientada longitudinalmente para Nascente, já que a implantação de uma igreja tinha de obedecer não só a necessidades físicas, mas também simbólicas.capelamisericordia
A capela mor constitui o espaço mais nobre e sagrado, daí resultando uma série de soluções destinadas ao seu realce, por isso apresenta-se a um nível superior ao do corpo da Igreja.
O altar mor é o seu ponto central e ostenta um retábulo de talha dourada que evidencia características maneiristas tardias (fim do século XVII).
Do conjunto destacam-se, pela sua conceção, os dois pares de colunas torsos que imitam o lápis-lazúli, com capitéis coríntios e fustes ligeiramente talhados com algumas ramagens. Estes pares de colunas marcam as edículas laterais que ladeiam a abertura central.
O remate superior do retábulo é preenchido por uma imagem do Sagrado Coração de Jesus e por anjos nas zonas laterais, o que ajuda a unificar toda esta belíssima composição, com prenúncios do Barroco.
A azulejaria que reveste as paredes da igreja é datada da primeira metade do século XVIII, reflete já uma religiosidade barroca, de intensa fulgurância visual, na medida em que procura transmitir a mensagem religiosa através da ocupação dos sentidos. Os painéis, envolvidos por cercaduras altamente ornamentadas, foram concebidos como autênticos cenários teatrais.
Classificação: VC, Dec. nº 2/96, DR 56 de 6-3-1996